然而，先天不足的港口條件制約了吉布提港的進一步發展。首先是水深問題。吉布提港現有泊位14個，具體情況如下表所示：
從上表可以看出，吉港最深的泊位也只有12米深，這就限制了一些大型及超大型船舶的停靠。據權威人士預測，今后國際上幾條主要航道將主要行駛超大型貨輪，而吉布提港正位于繁忙的紅海航道上，扼紅海進入印度洋的要沖曼德海峽（僅寬54海里），地理位置十分重要，是連接亞、非、歐三大洲的十字路口。在此經過的大型船只非常多，而吉布提港有限的水深條件使得很多大型船舶無法�？�，影響了吉布提港的未來發展。另外，隨著以美國為首的西方國家在全世界開展反恐行動，吉布提港優越的地理位置成為許多西方國家駐軍和訓練的首選之地，法、美、英、德、意大利、西班牙先后在吉布提駐軍，法國、德國和美國還在吉布提港停靠軍艦。然而，由于吉布提港的限制，西方國家如航空母艦等大型軍艦在進入吉布提補給無法靠港，只能停在錨地上靠補給船往來補給。這也使得吉布提港在使用效率上受到限制，并造成一定的經濟損失。
其次是港口位置問題，現在的港口位于吉布提市西北部，距離吉布提市中心只有1公里的路程，諸如總統府、外交部等政府機構以及使館區都距離港口很近。尤其是坐落在港口內的殼牌、美孚以及道達爾公司的油庫，已形成對吉布提市安全的一大隱患。在九十年代初的吉布提內戰時，吉港內的油庫就險些被北方軍隊的炮彈擊中�；谝陨显颍ㄔO新的吉布提自由港成為吉布提政府發展經濟的首要目標，而新港中的油碼頭更是優先建設項目。
吉布提新港地址選在位于距離吉布提老港區15公里處的多哈雷（DORALEH），吉布提市內有公路可直達該處。新港的位置有著得天獨厚的優勢。首先，多哈雷地區的水深平均為20米，完全可以滿足大型集裝箱船、超大型油輪以及航空母艦的�？�。其次，它比吉布提老港更向塔朱臘灣內部延伸，終年基本上沒有大風浪，即使在6月至9月的季風期，刮強勁干熱的西風（當地人稱之為“KHAMSIN”，時速接近30節）時，此處也基本上沒有大浪，是一個天然良港。另外，它距離吉布提至埃塞俄比亞干線公路的入口處只有5公里，交通十分方便，新港建在此處，也避免了由于貨運卡車頻繁進出吉布提市造成的交通問題。
目前，新港建設的可行性研究及規劃工作已經基本上完成。該規劃仍由迪拜港的開發部門執行，由意大利的規劃技術人員承擔。新港主要由西區和東區組成，其中東區為石油碼頭，也是優先發展的項目。西區建集裝箱碼頭和大型工業保稅區和開發區。建設新港的資金主要由科威特基金、沙特阿拉伯基金和阿布扎比基金提供，吉布提政府也自籌一部分。日前從科威特基金獲得消息，吉布提新港油碼頭項目已經進入科威特基金的準備程序，油碼頭總投資為9千萬美金；另外，科威特政府也已經承諾在新港內建一座小型煉油廠。根據以往經驗，油碼頭項目可能會在一年內進行招標。目前，已有我國中港集團等企業開始跟蹤該油碼頭建設項目。以往吉布提舊港的4期建設均由法國COLAS跨國集團建設，該公司在當地有很大的影響力。我公司若想取得此項目目前難度很大，除非帶資進入，并有政府的大力支持才有希望。油碼頭建成后，吉布提現有的殼牌、美孚和道達爾石油公司油庫將全部遷往新港。
油碼頭建成后，吉政府準備在新港西區建設大型工業保稅區、開發區和集裝箱碼頭。目前這一部分資金還沒有完全落實，但是阿拉伯國家的一些基金已經口頭答應出資，另外吉政府正在籌款準備自行解決一部分，并同時進行招商引資，或實行BOT。吉布提港口政府代表多次向我處表示，因為中國在建設保稅區及開發區方面取得很大成就，擁有豐富經驗，所以吉方希望中國能幫助他們建設工業保稅區，并建議用BOT形式，我出資、我建設、我經營、我獲利，然后逐步交由吉方經營，使吉布提成為中國商品進入東非地區的橋頭堡和集散地。另外，吉政府相關部門正在著手制定新的保稅區及開發區規定。現有投資法對于外國投資已有很優惠的規定，例如：1、投資當年及以后5年內免除營業稅；2、免除實施投資項目所需設備、材料稅和國內消費稅；3、在頭5個會計年度內，為生產替代進口產品所需進口的原材料可免除國內消費稅；4、免除建筑許可證稅，減、免注冊稅和土地稅。據悉，新的規定將更有利于在吉投資，甚至在降低勞動力成本、水電費優惠方面都會作進一步的規定。
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