昌吉回族自治州地處天山北麓、準噶爾盆地東南緣，東鄰哈密地區，西接石河子市，南與吐魯番地區、巴音郭楞蒙古自治州毗連，北與塔城、阿勒泰地區接壤，東北與蒙古國交界，是古代舉世聞名的絲綢之路新北道通往中亞、歐洲諸國的必經之路。 昌吉歷史悠久，在六、七千年以前的新石器時代，昌吉州境內木壘河一帶已有原始人類狩獵。公元3世紀初至6世紀中葉，境內先后為高車、突厥、西突厥鐵勒部等部族游牧駐地。公元800年，回鶻在高昌建立回鶻汗國，北庭為陪都，自此這里便成了回族聚居區之一。公元十三世紀初，元朝在今吉木薩爾縣別失八里設行尚書省，統天山南北畏兀兒之地，成為新疆及鄰近地區的政治、軍事、文化中心，首府即今吉木薩爾縣北庭故城。
昌吉州地處天山北坡經濟帶的核心區域，從東西北三面環抱自治區首府烏魯木齊市；建有烏拉斯臺國家一類季節性口岸和亞中商城國家二類通商口岸；州府昌吉市距烏魯木齊國際機場18公里，第二座亞歐大陸橋、312國道、216國道、吐烏大高等級公路、烏奎高速公路和亞歐光纜都從州內通過，是東聯內地、西接中亞、歐洲市場的黃金通道。
昌吉地勢南高北低，由東南向西北傾斜，南部是富庶的天山山地，中部為廣袤的沖積平原，北部為浩瀚的沙漠盆地，此區域為橫亙南部的天山的北坡，習慣稱之為天山北坡。境內有冰川1319條，面積1033平方公里。昌吉光照強、晝夜溫差大，適宜并盛產小麥、玉米、水稻、棉花、糖料、油料、西甜瓜和各類水果。礦產資源富集。主要有煤炭、石油、石灰巖、芒硝、石墨、碧玉等50多種，都具備很高的開采價值。
昌吉旅游資源獨具特色。有著名的國家級旅游風景區--高山湖泊天池、有始建于漢代的西域歷史名城北庭都護府遺址、有距今3000年歷史的呼圖壁康家石門子原始生殖崇拜巖畫、有亞洲最大的恐龍化石發掘地、東方最大的古森林化石群及鳴沙山、原始胡楊林等人文和自然奇觀。
